El “Colegio Santo Tomás de Aquino de San Juan” es una Institución educativa pública de gestión privada, no confesional, basada en los principios cristianos católicos. Su Proyecto Educativo tiende a lograr una sólida formación integral que permita a los alumnos la apertura de nuevos caminos para operar y ser partícipes activos de la realidad social. Se pretende que cultiven el pensamiento crítico, que tiendan a una convivencia solidaria, que analicen las relaciones entre educación y trabajo y sobre todo  que puedan elaborar un proyecto de vida que los convierta en personas felices.

Es por ello que se promueve, además de la adquisición de conocimientos, la entrada a un mundo de valores y actitudes y que un sentido ético atraviese todo el saber y el hacer escolar, atendiendo especialmente a la formación en virtudes.